Francisco Medina spielte Theater auf verschiedenen deutschen Bühnen (Münster, Rostock, Berlin, Festspiele Bad Hersfeld) und auch im Ausland (Chile, England, Italien). Seit Kurzem hat er auch Regiearbeiten vorgelegt („Antigone“, „Der kleine Prinz“ etc.) am Stadttheater Münster, wobei er mit letzterer auch in die Auswahl zur besten Jugendtheaterinszenierung des Jahres 2005 in Berlin kam. Des Weiteren hat er im Jahr 2003 den Max-Reinhardt-Preis bekommen und 2005 den NRW Kinder- und Jugendtheaterpreis.

Am Theater spielte Francisco Medina die folgenden Rollen in klassischen Stücken von Schiller, Shakespeare und Sophokles: den „Oedipus“ aus „Oedipus Rex und Kolonnos“, „Ferdinand von Walter“ aus „Kabale und Liebe“, „Orlando“ aus „Viel Lärm um nichts“, „Rogoshin“ aus „Der Idiot“, „Camille“ aus „Dantons Tod“, „Karl Moor“ aus „Die Räuber“, „Graf Dunois“ aus „Die Jungfrau von Orleans“ und den „Othello“.